Кроме того, русская церковь за долгий период обособленного существования прониклась множеством всевозможных обрядов, разобщавших ее с общеправославной традицией. Из всех «нестроений» церкви особенно бросались в глаза беспорядочность и небрежность в богослужении, отсутствие единообразного богослужебного чина, что выражалось в сохранении местных различий в порядке совершения служб и обрядов, в разных составах почитаемых святых и отсутствии единообразных богослужебных текстов. «Нестроением» являлось также отличие богослужебного чина, принятого русской церковью, от чина других православных церквей, «зазорное» поведение «белого» и «черного» духовенства. Нужна была реформа церкви.

Церковные преобразования связаны с личностью Никона, возведенного на всероссийское патриаршество в 1652 г. Царь Алексей Михайлович считал его единственным иерархом, способным справиться с этой трудной задачей. Вместе с тем Никон имел устойчивое представление о превосходстве церковной власти над государственной, ставил своей целью победу над светским мировоззрением, которое постепенно утверждалось, мечтал превратить Московское государство из провинции христианского мира в центр, равный Царьграду. Таким образом, в деятельности Никона переплелись интересы государства, потребности церкви и личные амбиции властолюбивого патриарха, стремившегося занять по меньшей мере равное с царем положение в управлении Россией.